Η ταινία λαμβάνει χώρα 6 μήνες μετά τα γεγονότα του manga και της σειράς. Ο Yugi και οι φίλοι είναι στην τελευταία χρονιά του λυκείου και κάνουν σχέδια για το μέλλον τους. Ενώ ο Kaiba προσπαθεί να ανακτήσει το Παζλ της Χιλιετίας και να επαναφέρει το πνεύμα του Φαραώ Atem με σκοπό να τον αντιμετώπισει για μια ακόμη φορά. Στο μεταξύ, ένα μυστηριώδες αγόρι κάνει την εμφάνισή του και μαζί μια νέα απειλή για τους ήρωές μας, αλλά και για ολόκληρο τον κόσμο!