Πριν τέσσερα χρόνια ένας μετεωρίτης έπεσε στη Γη κουβαλώντας και ένα μεγάλο μυστικό. Σήμερα όμως, όλα τα μυστικά αποκαλύπτονται στη Λαρούς Σίτυ, την πόλη με την υψηλή τεχνολογία, καθώς ο Ας, ο Πίκατσου κα η παρέα τους συναντούν τον Τρόι – ένα νέο φίλο που φοβάται τα Πόκεμον αλλά και τους εκπαιδευτές τους. Νέοι φόβοι προκύπτουν όταν μια μυστηριώδης αύρα κάνει την εμφάνιση της συνοδευόμενη από το Ντεόξις – ένα Πόκεμον διαφορετικό από όλα τα άλλα.