Kάποιος με την μορφή του Naruto εμφανίζεται απ' το πουθενά σκοτώνοντας αθώους. Η Konoha κατηγορεί τον Naruto στέλνοντας τον στην απόμακρη φυλακή του Κάστρου Houzuki. Προσπαθώντας απεγνωσμένα να το σκάσει ανακαλύπτει πως αυτή η φυλακή κρύβει ένα τρομερό μυστικό ικανό να καταστρέψει τον κόσμο...