Η Konoha δέχεται μία ξαφνική επίθεση από μία μυστηριώδης ομάδα ninja, αφήνοντας την για άλλη μία στην ιστορία της κατεστραμμένη. Αυτό το συμβάν ίσως να επαναλάβει τον τραγικό παγκόσμιο πόλεμο των ninja που ξέσπασε πολλά χρόνια πριν. Στο μεταξύ, ο Naruto καταβάλλοντας προσπάθειες για την αποκατάσταση του χωριού, συναντάει τον Sasuke για άλλη μία φορά σε μία άγνωστη περιοχή μαθαίνοντας ότι έχει εναντιωθεί σε αυτή την επίθεση...