Ο Okajima Rokuro είναι ένας Ιάπωνας υπάλληλος. Η καθημερινότητα του είναι ανιαρή και γεμάτη πειράγματα από τους ανώτερους του και επισκέψεις σε εκδηλώσεις της εταιρείας. Θα καταφέρει όμως να κάνει ένα διάλειμμα απ όλα αυτά, καθώς η εταιρεία του τον στέλνει στην τροπική Ν.Α Κίνα για να παραδώσει ένα ψηφιακό δίσκο. Στο ταξίδι του πέφτει θύμα απαγωγής από τρεις πειρατές που σκοπό έχουν να του κλέψουν το δίσκο. Πάνω στο σκάφος τους, το "Black Lagoon" θα αρχίσει να ξετυλίγεται μια υπόθεση που θα κάνει τον Rokuro να παρακαλάει να είχε προτιμήσει την ανιαρή καθημερινότητα του...