Στην μελλοντική φεουδαρχική Ιαπωνία, λέγεται ότι ο νούμερο 1 πολεμιστής θα μπορεί να κυριαρχήσει τον κόσμο, εφόσον όλα τα υπόλοιπα νούμερα σκοτωθούν από τα ίδια του τα χέρια. Σαν νούμερο 2 πια, ο Afro Samurai, ταξιδεύει προς αναζήτηση του δολοφόνου που πετσόκοψε τον πατέρα του μπροστά στα μάτια του όταν ήτανε μικρό παιδί. Μήπως τελικά ψάχνει το νούμερο 1;