Τα γεγονότα διαδραματίζονται μετά το τέλος και της δεύτερης σεζόν. Το έτος 2116, η Ιαπωνική κυβέρνηση αρχίζει την εξαγωγή του Συστήματος Sibyl, σε χώρες που μαστίζονται από την αναρχία. Η χώρα SEAUn ξεκινά τη δοκιμαστική εφαρμογή του Συστήματος στην καινούρια θαλάσσια πόλη της Shambala Float και επιτυγχάνει μια προσωρινή τάξη ασφάλειας και ειρήνης. Στο μεταξύ, μια ομάδα τρομοκρατών από την SEAUn, εισβάλει στην Ιαπωνία για να επιχειρήσει ένα χτύπημα, αλλά βρίσκουν εμπόδιο την Υπηρεσία Δημοσίας Ασφάλειας. Το περιστατικό αυτό θα αποκαλύψει την ύπαρξη ενός γνώριμου προσώπου για την Tsunemori, η οποία θα ταξιδέψει στην πόλη Shambala Float για να ερευνήσει το θέμα. Εκεί όμως τα πράγματα ίσως δεν είναι όπως φαίνονται…